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此頁是关于《究極之日／究極之月》的剧情流程。通关前的流程中，斜体的流程为支线剧情，不是必须进行的流程。
《究極之日》的剧情与《究極之月》有部分不同，剧情不同之处会以US（《究極之日》）或UM（《究極之月》）注明。
开局
美乐美乐岛
开始
选择语言。
库库伊博士介绍阿罗拉地区。
选择性别和肤色。
给主角起名字。
１号道路好奥乐市郊
从床上下来后离开卧室。
来到客厅，妈妈让主角回房间拿帽子和包包。
来到右边房间调查衣架。
菜单追加包包选项。
前往１号道路。
１号道路
来到草丛，野生的猫鼬少出现，被赶来的木木枭、火斑喵和球球海狮赶跑了。
库库伊博士出现，让主角从木木枭、火斑喵和球球海狮中选出一只成为冒险的搭档。
库库伊博士让主角前往利利小镇。
路上遇到哈乌，哈乌选择了被主角宝可梦属性克制的宝可梦。
哈乌想与主角展开宝可梦对战。同意后，库库伊博士对战前会给主角的同行宝可梦回复状态。
和哈乌展开宝可梦对战。
利利小镇
因为岛屿之王不在，所以前往马哈罗山路。
马哈罗山路
遇见莉莉艾，被拜托救助小星云科斯莫古，莉莉艾会给主角的同行宝可梦回复状态。
在吊桥上打败攻击小星云的烈雀。
战斗的震动将吊桥弄断裂，主角掉了下去，被赶来的岛屿守护神卡璞・鸣鸣救了上来。
卡璞・鸣鸣掉落了光辉石，被莉莉艾拾到并赠给主角。
返回利利小镇。
利利小镇
从库库伊博士处取得宝可梦图鉴和训练家证。
和岛屿之王哈拉对话。
把光辉石交给哈拉研究，哈拉让主角明天来参加庆典。
菜单追加宝可清爽乐选项。
１号道路好奥乐市郊
次日，博士来到家中，带领主角去参加全力庆典。
路上博士进行收服宝可梦的教学，并获赠10个精灵球和5个伤药。
听见前方两个神秘组织的成员的对话，他们也准备参加全力庆典。
利利小镇
和哈乌展开宝可梦对战前，哈拉会给主角的同行宝可梦回复状态。
在庆典上和哈乌展开宝可梦对战。
从哈拉处取得由光辉石制成的Ｚ强力手环。
从库库伊博士处取得诸岛巡礼之证。
庆典结束后回到好奥乐市郊的家。
身后，两个神秘组织的成员再次出现，说要去阿罗拉地区的各地调查。
１号道路好奥乐市郊
次日，在门口再次遇见莉莉艾。
在莉莉艾提示后前往宝可梦研究所。
在路上莉莉艾对台阶的性质进行教学。
在研究所内，库库伊博士将宝可梦图鉴升级洛托姆图鉴。
出门时发生了短暂的月食夜或日食昼。
在莉莉艾提示后前往宝可梦中心。
莉莉艾依次说明宝可梦中心、友好商店、电脑、咖啡区。
菜单追加圆庆广场、ＱＲ扫描、对战视频和快速连接功能。
圆庆广场
舞者对圆庆广场的功能进行简单教学，在教学中提升圆庆广场等级。
进入城堡与马玛内对话，马玛内赠予一栋圆庆广场的店铺，并且对城堡设施和店铺进行说明。
训练家学校
从库库伊博士处取得学习装置。
和训练家学校内的四位训练家展开宝可梦对战（如果需要回复状态，可以去找莉莉艾。回复一次后，需要切换场景才能继续回复。打败四位训练家后也能对话直接回复，不过只有一次）。
到学校二楼与老师展开宝可梦对战，她使用的是克制主角最初获得宝可梦的宝可梦，对战结束后主角的同行宝可梦会自动回复状态。
抚摸好奥乐市路口前挡路的肯泰罗。
好奥乐市
从旅游询问处获得宝可搜寻镜。
在拍摄点使用宝可梦搜寻镜拍摄照片。
在时装店前，莉莉艾会赠送隐形眼镜盒（如果选的是美月的话，还能获得化妆包）。
在宝可梦中心附近，伊利马介绍霸主贴纸。
在马拉萨达连锁店门外遇见哈乌。
与骷髏隊的手下展开宝可梦对战，对战结束后伊利马出现并会给主角的同行宝可梦回复状态。
和队长伊利马展开宝可梦对战。
进入２号道路之前遇见莉莉艾，获得三个活力碎片。
抚摸进入２号道路路口前挡路的肯泰罗。
２号道路
在２号道路的大浪海滩内和骷髏隊的手下展开宝可梦对战。
在树果园前，遇到神秘组织成员。
在宝可梦中心前遇见哈乌，在宝可梦中心他赠送主角三个活力碎片并介绍洛托碰碰。
好奥乐墓园
在这里可以拾取道具和挑战训练家。
葱郁洞窟（伊利马的考验）
在打败前两只巢穴内出现的宝可梦且阻挡了三次第三只宝可梦出现的位置，在初次看到的巢穴附近，出现骷髅队手下。
打败骷髅队手下后骷髅队手下帮忙阻挡其他两个巢穴。继续打败第三只宝可梦，之后进入霸主居处。
在霸主居处打算取一般Ｚ时出现并打败霸主宝可梦猫鼬探长US/拉达（阿罗拉的样子）UM，打败后伊利马会出现教学一般Ｚ的姿势并帮忙回复同行宝可梦的状态。
得到一般Ｚ。
神秘组织成员出现，进行自我介绍。原来他们是究极调查队成员，分别叫达尔斯和阿玛茉US或米翎和西奥尼拉UM。
２号道路
通往３号道路的路障被解除。
库库伊博士进行使用Ｚ招式的教学，教学后同行宝可梦会自动回复状态。
３号道路
被库库伊博士拜托寻找走散的莉莉艾。
前往美乐美乐花园。
美乐美乐花园
遇到莉莉艾，让主角帮忙找到科斯莫古。同时洛托姆图鉴使用经验碰碰。
与剧团成员云雀进行第一次宝可梦对战。
通海洞穴
在通海洞穴找到了科斯莫古。
打败究极调查队的达尔斯US或米翎UM，对战开始前同行宝可梦会自动回复状态。
打败后，和科斯莫古对话。回到美乐美乐花园时，莉莉艾会给主角的同行宝可梦回复状态。
通过这里可以前往卡拉蔚湾。
卡拉蔚湾
获得拉普拉斯游泳后可以来这里探索。
３号道路
再次和哈乌展开宝可梦对战，对战结束后自动回复同行宝可梦的状态。
通往１号道路的路障被解除。
利利小镇
与哈拉对话。对战开始前自动回复同行宝可梦的状态。
进行美乐美乐岛的大考验：和岛屿之王哈拉展开宝可梦对战，获胜后可从哈拉处获得格斗Ｚ和骑行装置，以及登录肯泰罗冲撞。对战结束后自动回复同行宝可梦的状态。
博士赠予招式學習器５４（点到为止）。
训练家学校
与大浪海滩的一位男孩对话后触发训练家学校七不思议事件。调查结束后可以获得博识眼镜。
十克拉山丘
可以找到飞行Ｚ，一位女士出现并教授了使用飞行属性Ｚ招式的姿势。
美乐美乐海
获得巨牙鲨喷射后可以来这里探索。
好奥乐市
去摄影俱乐部获得相册。
２号道路
来到大浪海滩，与成也・大木见面，通过收集霸主贴纸可在他那里获得霸主宝可梦。之后他会在慷待海滩等待主角。
学习如何骑巨翅飞鱼冲浪，随后通过巨翅飞鱼冲浪来到阿卡拉岛的慷待海滩。
阿卡拉岛
慷待市
与库库伊博士见面。遇见了岛屿女王丽姿与队长玛奥。
时装店外再次遇上莉莉艾，她说要去听涛酒店。
慷待市听涛酒店
遇到德克希欧和吉娜，并与德克希欧US／吉娜UM展开宝可梦对战，对战结束后德克希欧US/吉娜UM会帮忙回复同行宝可梦的状态。
向3层左边第一个房间内配饰店的店主展示对应的宝可梦后可获赠卡比兽Ｚ、梦幻Ｚ及玛夏多Ｚ。
４号道路
通过４号道路前往欧哈纳镇。
欧哈纳镇
和哈乌再次展开宝可梦对战。对战开始前和结束后都会帮忙回复同行宝可梦的状态。
从骷髅队的手里救下六尾。
欧哈纳牧场
从玛奥处获得长毛狗搜寻。
从宝可梦寄放屋柜台处取得伊布的蛋。
５号道路
遇到格拉吉欧并与他展开宝可梦对战。
潺潺之丘（水莲的考验）
从水莲处获得拉普拉斯游泳。
打败霸主宝可梦滴蛛霸。
从水莲处取得水Ｚ和钓竿。
可以和水莲对话选择是否直接返回５号道路。
欧哈纳牧场
和树才怪对话。
和究极调查队的达尔斯US或米翎UM展开宝可梦对战。
６号道路
遇到被骷髏隊的手下缠着的哈普乌，和骷髏隊的手下展开宝可梦对战。
打败后，进入皇家大道。
皇家大道
进入皇家巨蛋。
在皇家巨蛋内和格拉吉欧、哈乌以及皇家蒙面人展开简单的皇家对战。
在美乐美乐花园进行第一次对战后，可与剧团成员云雀在此进行第二次宝可梦对战。
７号道路
通过７号道路前往维拉火山公园。
维拉火山公园（卡奇的考验）
找出嘎啦嘎啦跳的两支舞的差异。
打败霸主宝可梦嘎啦嘎啦（阿罗拉的样子）。
从卡奇处取得火Ｚ和喷火龙飞行。
７号道路
遇到莫恩，菜单追加宝可度假地选项。
通往８号道路的路障被解除。
分隔岭隧道
遇到达尔斯和阿玛茉。
前往８号道路
８号道路
遇到阿克罗玛并从他那里取得招式學習器４３（蓄能焰袭）。
可在化石复原所复活化石。
５号道路
如果之前没去过圆庆广场，那么这里会进行圆庆广场的教学。
通过５号道路前往树荫丛林。
树荫丛林（玛奥的考验）
收集3种食材，制作吸引霸主宝可梦前来的料理。
打败霸主宝可梦兰螳花。
从玛奥处取得草Ｚ。
慷待市
前往空间研究所，从芭内特博士那里得知究极异兽的事情。
和莉莉艾对话。
和库库伊博士对话。
离开研究所时，天空中出现了裂痕。
前往地鼠隧道。
地鼠隧道
在出口附近，和哈乌联手和骷髅队手下们展开多人对战，对战结束后会自动回复同行宝可梦的状态。
９号道路
遇见帅哥，赠予了雷之石。
进入警察局，可与伪装成警察的百变怪对战，并获得奖励并接受下一次任务。
通过９号道路前往可霓可市。
可霓可市
在丽姿的宝石店的大朝北鼻处会获得丽姿的留言，让主角去生命遗迹找她。
在丽姿的宝石店可以买到化石。
在警察局与伪装成警员的百变怪对战后，可与摄影俱乐部旁伪装成中药商人的百变怪对战，回到警察局可获得奖励。之后每接受一个任务，均可遇到一只百变怪。第二只伪装成了西餐厅的厨师，第三只伪装成了罗米罗米按摩员，最后一只伪装成了在海角边的丽姿。
回忆之丘
和骷髏隊的手下展开宝可梦对战。
阿卡拉岛郊外
和骷髅队干部布尔美丽展开宝可梦对战。
生命遗迹
遇到芭内特博士和莉莉艾，莉莉艾会帮忙回复同行宝可梦的状态。
和岛屿女王丽姿展开宝可梦对战，获胜后可从丽姿处获得岩石Ｚ。
豪诺豪诺度假地
可以从左边皮卡丘明星旁的商务人士处得到皮卡丘Ｚ。
在豪诺豪诺度假地上，和扎奥博对话后前往以太乐园。
中局
以太乐园
以太乐园
在保护区找到以太基金会理事长露莎米奈后和她对话。
和不明生物？？？？？展开对战，对战结束后同行宝可梦自动回复状态。
在码头搭船前往乌拉乌拉岛。
乌拉乌拉岛
马利埃静市
和哈乌再次展开宝可梦对战。胜利后获得鬃岩狼人Ｚ。对战结束后同行宝可梦自动回复状态。
马利埃庭园
在庭园内和库库伊博士对话。
马利埃静市
在庭园门口和莉莉艾对话。
前往马利埃图书馆，在门口遇见哈普乌。
在二楼与阿塞萝拉相遇。
马利埃静市市郊海角
可以拾取道具挑战训练家。
１０号道路
和骷髏隊的手下展开宝可梦对战。
调查椰蛋树公交车站牌。
辉克拉尼山
库库伊博士介绍宝可梦联盟举办地。
在天文台门前，从马睿因处取得钢Ｚ。
前往辉克拉尼天文台。
辉克拉尼天文台
进入最深处找到马玛内，和马玛内对话。
回到辉克拉尼山找马睿因。
辉克拉尼山
在辉克拉尼天文台外的荒地上帮忙寻找两只马睿因的虫电宝。
在站牌附近找到最后的虫电宝。
进入辉克拉尼天文台。
辉克拉尼天文台（马玛内的考验）
打败霸主宝可梦托戈德玛尔。
从马玛内处取得电Ｚ。
进行代理人对战的教学。
从马睿因处取得博士的面罩。
马利埃庭园
和骷髅队老大古兹马展开宝可梦对战。
击败古兹马后，博士根据最初选择的宝可梦，赠予主角狙射树枭Ｚ、炽焰咆哮虎Ｚ或西狮海壬Ｚ。
将博士的面罩交给博士。
１１号道路
在入口附近，洛托姆图鉴使用零花钱碰碰。
和空手道王和泽对战。
通往１２号道路的路障被解除。
１２号道路
从哈普乌处取得重泥挽马飞奔。
火特力山
可以进入地热发电厂。
乌拉乌拉海滩
可以拾取道具和挑战训练家。
１３号道路
遇到哈乌和格拉吉欧。
卡璞村
在卡璞村遇到哈乌、达尔斯和阿玛茉US或米翎和西奥尼拉UM。
通过卡璞村前往１５号水路。
１５号水路
拜访以太之家，在以太之家和幼儿园小朋友展开宝可梦对战。
离开以太之家。和骷髏隊的手下展开宝可梦对战。
超值超市旧址（阿塞萝拉的考验）
打败霸主宝可梦谜拟Ｑ。
从阿塞萝拉处取得幽灵Ｚ。
１３号道路
通往哈伊纳沙漠的路障被解除。
哈伊纳沙漠
可以找到超能力Ｚ。
１５号水路
和骷髅队干部布尔美丽再次展开宝可梦对战。
从越橘处取得巨牙鲨喷射。
１６号道路
通过这里前往乌拉乌拉花园。
乌拉乌拉花园
遇到扎奥博，被告知小心骷髅队。
通过乌拉乌拉花园前往１７号道路。
在皇家大道进行第二次对战后，可与剧团成员云雀在此进行第三次宝可梦对战。
１７号道路
通过１７号道路前往魄镇。
魄镇
击败骷髏隊的手下们，进入可疑宅邸。
可疑宅邸
调查宅邸内的3张便签。
和二楼的骷髏隊的手下对密语。
和古兹马再次展开宝可梦对战。
在古兹马的房间内可以找到虫Ｚ。
出来后，遇到岛屿之王默丹和队长阿塞萝拉，默丹会给同行宝可梦回复状态。。
前往１５号水路的以太之家。
以太之家
被告知莉莉艾和小星云被以太基金会抓走了。
和格拉吉欧再次展开宝可梦对战，对战结束后同行宝可梦会自动回复状态。
和格拉吉欧对话后自动前往马利埃静市的乘船处。
马利埃静市
和岛屿之王默丹展开宝可梦对战，对战结束后默丹会给同行宝可梦回复状态。获胜后可从默丹处获得恶Ｚ。
超值超市旧址
正确回答超市内部的謎擬Ｑ的问题后，取得谜拟ＱＺ。夜
终局
以太乐园
以太乐园
在一楼和以太分部长扎奥博展开宝可梦对战。
在地下二楼和以太基金會的職員展开宝可梦对战。
在地下二楼和哈乌联手和以太基金會的職員展开多人对战。
调查秘密实验室Ｂ的电脑。
在一楼和哈乌联手和以太基金會的職員展开多人对战。对战结束后，碧珂出现并回复同行宝可梦的状态。
在一楼和格拉吉欧联手和以太基金會的職員展开多人对战。
在一楼和哈乌联手和以太分部长扎奥博和以太基金會的職員展开多人对战。
（上述的多人对战中，每场多人对战结束后，同行宝可梦都会自动回复状态。）
前进的途中，和骷髅队手下们展开宝可梦对战。
和古兹马再次展开宝可梦对战。
前往露莎米奈的宅第，遇到达尔斯和阿玛茉US或米翎和西奥尼拉UM。和究极调查队的达尔斯US或米翎UM展开宝可梦对战。
进入深处的收藏室。露莎米奈承认她是格拉吉欧和莉莉艾的母亲。
和以太基金会理事长露莎米奈展开宝可梦对战，无论胜负都能继续剧情。对战开始前和结束后，同行宝可梦的状态会自动回复。
露莎米奈和古兹马利用小星云科斯莫古力量打开并进入了究极之洞，科斯莫古进化成了科斯莫姆。
次日，离开露莎米奈的宅第。
从格拉吉欧处取得大师球。
前往地下一楼码头处和格拉吉欧对话后前往波尼岛。
波尼岛
海洋居民之村
遇见队长茉莉。
可从船上商店的女性处取得化石翼龙。
可从船上商店的老板处取得熔岩增幅器和电力增幅器。
同行宝可梦中有阿罗拉样子的雷丘时在民家内的女性处可取得阿罗雷Ｚ。
波尼原野
通过波尼原野前往波尼古道。
波尼古道
找到哈普乌。
从哈普乌外婆处取得怪力猛推。
波尼鼓浪岩岸
通过波尼鼓浪岩岸前往彼岸遗迹。
彼岸遗迹
见证哈普乌成为岛屿女王。
海洋居民之村
找到茉莉并和她对话。
团长出现。和团长对话后前往椰蛋树岛。
椰蛋树岛
击败或者收服三只椰蛋树上的凯罗斯。
与椰蛋树对话爬上高地。找到太阳之笛US/月亮之笛UM。
笛子拿到之后，下雨停止。
海洋居民之村
前往波尼古道。
波尼古道
打败两名骷髅队手下。第二场对战结束后，莉莉艾会帮同行宝可梦回复状态。
从布尔美丽处取得毒Ｚ。
前往波尼大峡谷。
波尼大峡谷
在波尼大峡谷的树前，遇到哈普乌，随后莉莉艾以及达尔斯和阿玛茉US或米翎和西奥尼拉UM赶来。
和究极调查队的达尔斯US或米翎UM展开宝可梦对战。
在波尼大峡谷入口前，莉莉艾会赠送活力块并帮同行宝可梦回复状态。
前进到有桥的洞窟前，莉莉艾会帮同行宝可梦回复状态。
在考验门前遇到莉莉艾，莉莉艾会帮同行宝可梦回复状态。
打败霸主宝可梦杖尾鳞甲龙后获得龙Ｚ。
出去洞穴后，哈普乌和莉莉艾会前来祝贺通过考验，莉莉艾会帮同行宝可梦回复状态。
日轮祭坛US/月轮祭坛UM
在祭坛，前往莉莉艾另一侧平台的吹奏太阳之笛US/月亮之笛UM。
莉莉艾的小星云科斯莫姆进化成了索尔迦雷欧，与从究极之洞出来的奈克洛兹玛战斗，不敌后者，被吸收合体成为日食奈克洛兹玛。其他的岛屿也出现了究极异兽。US
莉莉艾的小星云科斯莫姆进化成了露奈雅拉，与从究极之洞出来的奈克洛兹玛战斗，不敌后者，被吸收合体成为月食奈克洛兹玛。其他的岛屿也出现了究极异兽。UM
与奈克洛兹玛（黄昏之鬃）US/奈克洛兹玛（拂晓之翼）UM对战，无论胜负都能继续剧情。对战结束后同行宝可梦会自动回复状态。
借助究极调查队的露奈雅拉或者索尔迦雷欧的力量前往其他颜色的时空洞，遇见各种各样的宝可梦和传说的宝可梦。
借助究极调查队的露奈雅拉US或者索尔迦雷欧UM的力量前往白色的时空洞。
究极空间：究极大都会
在究极大都会塔和奈克洛兹玛（究极奈克洛兹玛）再次展开宝可梦对战。对战结束后同行宝可梦会自动回复状态。
在究极调查队处获得毒贝比。
返回日轮祭坛US/月轮祭坛UM。
日轮祭坛US/月轮祭坛UM
究极调查队打算继续留在阿罗拉地区，露莎米奈和莉莉艾回以太乐园照顾小星云，古兹马独自离开。
此后，茉莉到来。邀请主角参加考验。
可以选择是否和茉莉一起返回海洋居民之村。
海洋居民之村（茉莉的考验）
和队长茉莉对话后，考验开始。和队长茉莉展开宝可梦对战。胜利后获得粉红花瓣。
询问在２号道路往３号道路的考验支援者得知，伊利马在好奥乐墓园。
在好奥乐墓园，遇见哈乌。
前往好奥乐墓园和队长伊利马展开宝可梦对战。胜利后获得橙色花瓣。
对战结束后和伊利马对话选择是否到树荫丛林。
前往树荫丛林和队长玛奥展开宝可梦对战。胜利后获得绿色花瓣。一旁的水莲会给主角蓝色花瓣。US
前往树荫丛林和队长水莲展开宝可梦对战。胜利后获得蓝色花瓣。一旁的玛奥会给主角绿色花瓣。UM
对战结束后和玛奥US/水莲UM对话选择是否到维拉火山公园。
前往维拉火山公园和队长卡奇以及登山男展开宝可梦对战。胜利后从卡奇处获得红色花瓣。
对战结束后和卡奇对话选择是否到辉克拉尼天文台。
前往辉克拉尼天文台和队长马玛内展开宝可梦对战，胜利后获得黄色花瓣。US
前往辉克拉尼天文台和队长马玛内对话，获得黄色花瓣。UM
对战结束后和马玛内对话选择是否到下一个地方US。
在以太之家遇到古兹马和哈乌。
前往以太之家和岛屿之王默丹对话，获得紫色花瓣。US
前往以太之家和岛屿之王默丹展开宝可梦对战，胜利后获得紫色花瓣。UM
对战结束后和默丹对话选择是否到海洋居民之村UM。
返回海洋居民之村的茉莉宅，和茉莉对话。茉莉将七色花瓣组合成了虹色之花，召唤出了霸主宝可梦蝶结萌虻。
打败霸主宝可梦蝶结萌虻后，从队长茉莉处取得妖精Ｚ。
离开茉莉宅，遇到哈普乌和哈拉。
哈普乌要主角去椰蛋树岛参加大考验。
与团长对话，前往椰蛋树岛。
椰蛋树岛
和岛屿女王哈普乌展开宝可梦对战，获胜后获得地面Ｚ并返回波尼岛。
前往拉纳基拉山。
乌拉乌拉岛
拉纳基拉山
和格拉吉欧再次展开宝可梦对战。
击败格拉吉欧后，被告知莉莉艾在马哈罗山路。
可以前往马哈罗山路收服索尔迦雷欧US/露奈雅拉UM。成功收服后，莉莉艾会赠送索尔迦雷欧ＺUS/露奈雅拉ＺUM 。
可以在这里找到冰Ｚ。
捕捉或击败奈克洛兹玛。捕捉成功后获得究极奈克洛Ｚ并遇到阿克罗玛，赠予了奈克洛索尔合体器及奈克洛露奈合体器。
在山顶的联盟前，如果最初选择的宝可梦在队内，则会跳出来一起回忆战斗过程。
在山顶，挑战宝可梦联盟，和四天王展开宝可梦对战。
在冠军房间，坐下冠军宝座。哈乌前来挑战，和哈乌再次展开宝可梦对战。
登入名人堂，成为阿罗拉地区初代冠军。
登入名人堂后
通关后的剧情，除了前往波尼樹林捕获究极异兽以及ＲＲ事件外，其余事件均没有严格的先后顺序。
究极异兽
１号道路好奥乐市郊
哈乌来到主角家，说有人找主角。
究极调查队的达尔斯和阿玛茉US或米翎和西奥尼拉UM叫主角前往波尼樹林解决究极异兽事件。
可以选择是否一起去波尼樹林
波尼古道
碧珂受格拉吉欧之托赠送属性：空及17种存储碟给主角*。
波尼樹林
四只究极异兽砰头小丑US/垒磊石UM出现，与其中两只战斗来协助哈乌捕获另外两只。
ＲＲ事件
１号道路好奥乐市郊
马玛内来到主角家中向主角求助。
圆庆广场
租借宝可梦，与代理人组队与彩虹火箭隊的手下进行宝可梦对战。
１号道路好奥乐市郊
看电视。得知彩虹火箭队占领了以太乐园中露莎米奈的宅第。
莉莉艾来到主角家中向主角求助。
前往以太乐园
以太乐园
在入口处碰到莉莉艾和碧珂。
在露莎米奈的宅邸前和彩虹火箭隊的手下们展开宝可梦对战。
和莉莉艾联手与扎奥博和以太基金會的職員展开多人对战。
进入火箭队城堡。
火箭队城堡
进入露莎米奈的寝室，发现镜门打不开。
返回入口。
和古兹马联手与彩虹火箭隊的手下们展开多人对战，对战结束后莉莉艾会给主角同行宝可梦恢复状态。
之后在露莎米奈的寝室和莉莉艾对话，她就会给主角同行宝可梦恢复状态。
和赤焰松、水梧桐和彩虹火箭隊的手下展开宝可梦对战。
打开赤焰松、水梧桐背后画的机关。
和赤日、弗拉达利和彩虹火箭隊的手下展开宝可梦对战。
打开赤日、弗拉达利背后的机关。
进入露莎米奈的寝室，莉莉艾给主角同行宝可梦恢复状态。
和从镜门出现的魁奇思展开宝可梦对战。
通过镜门内的传送门，来到坂木所在的露莎米奈的收藏室，和坂木展开宝可梦对战。
其它冒险
美乐美乐岛
好奥乐市郊
ＲＲ事件结束后，与妈妈和关都喵喵对话，喵喵夫人会拜访主角家。
战争遗迹
捕获美乐美乐岛守护神卡璞・鸣鸣。捕获或击败卡璞・鸣鸣后，可拾得卡璞Ｚ。
利利小镇
与哈拉再次展开宝可梦对战。战胜后，哈拉会赠予主角其他两种最初的伙伴的Ｚ纯晶（狙射树枭Ｚ、炽焰咆哮虎Ｚ和西狮海壬Ｚ的其中两种）。
训练家学校
在训练家学校3楼的教室前与留级生空手道王进行对战，对战之后就能与校长对战，胜利之后获得王者之证。
好奥乐市
在购物广场和极限大叔对话可以进行极限特训。
在伊利马的家找到他后，可以在训练家学校和他展开宝可梦对战。
阿卡拉岛
慷待市
可以在GAME FREAK办公室与GAME FREAK 森本和GAME FREAK 岩尾展开宝可梦对战，打败他们后可获赠圆形护符。
收服全阿罗拉图鉴中幻之宝可梦以外的全部宝可梦后，可以在GAME FREAK办公室的游戏总监获赠闪耀护符。
欧哈纳镇
在卡奇的家找到他后，可以在皇家大道和他展开宝可梦对战。US
慷待海滩
主角可以用收集到的霸主贴纸从成也・大木处得到霸主大小的宝可梦，数量不同所得到的霸主宝可梦也有所不同。主角在首次遇到成也・大木后，每当收集到一定数量霸主贴纸时，成也・大木会通过洛托姆图鉴会提醒主角。
皇家大道
在超值超市，伊布行家影虎会让主角去挑战其他八位使用伊布进化形的行家，并且告诉主角各位行家的所在之地的有关线索。主角打败所有的其他行家后再回到这里，影虎会挑战主角。打败他后可获赠伊布Ｚ。
可霓可市
在水莲的家击败诗婷和诗涵后，可以和水莲展开宝可梦对战。
在西餐厅找到玛奥后，可以和玛奥展开宝可梦对战。UM
生命遗迹
捕获阿卡拉岛守护神卡璞・蝶蝶。
乌拉乌拉岛
马利埃图书馆
可以在１Ｆ和阿塞萝拉一同找到在隐藏空间中的古老文献。
１５号水路
ＲＲ事件结束后，在以太之家和以太基金會的職員对话后可以获得多边兽。
１６号道路
在终结洞窟里收服基格尔德后，可以在道路东边的以太基地遇到德克希欧和吉娜，战胜德克希欧后他赠予主角基格尔德・１０％形态和基格尔德多面体。
丰收遗迹
捕获乌拉乌拉岛守护神卡璞・哞哞。
拉纳基拉山
击败阿罗拉地区的其他道路上能够使用Ｚ招式的训练家后，与资深训练家英倬展开宝可梦对战，胜利后获得生命宝珠。
再次挑战宝可梦联盟，和四天王再次展开宝可梦对战。
在冠军的房间和挑战者展开联盟卫冕战。
波尼岛
彼岸遗迹
捕获波尼岛守护神卡璞・鳍鳍。
波尼旷野
遇见帅哥和莉拉，赠予主角红牌。
在旷野洞窟可取得杖尾鳞甲龙Ｚ。
在进入波尼花园前遇到德克希欧和吉娜，与德克希欧展开宝可梦对战，进行超级进化的展示性教学。胜利后可获得钥石和胡地进化石。
波尼花园
在乌拉乌拉花园进行第三次对战后，可与剧团成员云雀在此进行最后一次宝可梦对战。胜利后可获得招式學習器７５（剑舞）。
在终结洞窟，最深处可以遇到野生的基格尔德・５０％形态。
对战树
遇到赤红和青绿，青绿会帮助主角回复宝可梦并要求主角选择其中一人进行宝可梦对战。
可在此与完成诸岛巡礼的训练家及实力足以与其匹敌的训练家互相较量。
椰蛋树岛
借助椰蛋树登上椰蛋树岛的高地上后，突然下大雨，一位大叔会招呼主角和他进下面的洞穴躲雨，他表示阿罗拉地区的天气变得很快。
以太乐园
ＲＲ事件结束后，回到以太乐园１Ｆ北侧出口左边，可找到扎奥博并发起宝可梦对战，战胜后扎奥博会赠与主角可疑补丁。击败扎奥博与碧珂对话后，可在Ｂ２Ｆ研究室Ａ的女性以太基金会的职员处获得基因之楔、惩戒之壶和心之水滴。
ＲＲ事件结束一个月之后，主角有一定概率在联盟卫冕战遇到格拉吉欧，在卫冕战打败格拉吉欧后，再次来到以太乐园时，主角会看到莫恩来到这里，与露莎米奈重逢。
究极空间
在日輪祭壇US／月輪祭壇UM，调查究极之洞可以前往究极大都会，还可以进入时空洞或前往反转世界收服傳說的寶可夢。
究极之洞
在究极之洞可以通过究极空间跳跃骑行（可以前往慷待市中的GAME FREAK办公室更改骑行的操作方式）前往五种不同颜色的时空洞。
白色的时空洞
进入白色的时空洞可以随机前往究极深海、究极发电厂、究极森林US、究极丛林US、究极沙漠UM、究极峡谷UM和究极大厦的其中一个地方，收服究极异兽。
究极空间零地带
进入红色、黄色、绿色和蓝色的时空洞可以分别前往究极空间零地带中峭壁的世界、洞窟的世界、平地的世界和水的世界，收服其他传说的宝可梦。
反转世界
反转世界是与这个世界平行的世界之一，反转世界与这个世界几乎一模一样。但反转世界的时间与这个世界相反，这个世界是白天时，反转世界即为夜晚，两个世界之间可认为具有12小时的时差。
反转世界的日轮湖US／月轮湖UM
在反转世界是夜晚时，当身上携带有索尔迦雷欧，可以遇到并收服科斯莫古和获得露奈雅拉Ｚ。US
在反转世界是白天时，当身上携带有露奈雅拉，可以遇到并收服科斯莫古和获得索尔迦雷欧Ｚ。UM
宝可梦游戏流程《寶可夢》系列红／绿／蓝／皮卡丘 • 金／银／水晶版 • 红宝石／蓝宝石 • 火红／叶绿 • 绿宝石钻石／珍珠 • 白金 • 心金／魂银 • 黑／白 • 黑２／白２ • Ｘ／Ｙ • 欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石太阳／月亮 • 究极之日／究极之月 • Let's Go! 皮卡丘／Let's Go! 伊布剑／盾（扩展票） • 晶灿钻石／明亮珍珠 • 传说 阿尔宙斯 • 朱／紫（零之秘宝）• 传说 Z-A（超次元爆涌）不可思议迷宫系列流程赤之救助队／青之救助队 • 时之探险队／暗之探险队／空之探险队炎之冒險團／嵐之冒險團／光之冒險團 • 极大之门与无限迷宫 • 超级不可思议迷宫 • 救助队DX不可思议迷宫系列性格测试赤之救助队／青之救助队 • 空之探险队 • 超级不可思议迷宫 • 救助队DX